Jürgen Natter lebt und arbeitet nach Jahren im Ausland wieder im österreichischen Bundesland Vorarlberg, wo er auch aufgewachsen ist. Nach Abitur und Studium am Konservatorium seiner Heimatstadt (Orgel, Cembalo und Dirigieren) absolvierte er an der Musikakademie Basel ein Orgelstudium bei Guy Bovet.

Seitdem ist er freischaffend und weitgehend abseits des Mainstream zuhause. Neben zahlreichen anderen Uraufführungen wurde ihm jüngst die Ehre zuteil, die dritte Sinfonie seines Landsmannes Michael Floredo (für drei Organisten an einer Orgel) bei den Brucknertagen St. Florian 2010 aus der Taufe heben zu dürfen. Ein weiterer Höhepunkt war 2009 die Aufführung des gesamten Synagogalwerkes mit Orgel von Paul Dessau (darunter drei Uraufführungen) am Theater Gera/Thüringen (D). 

Neben dem Streben um eine eigene Aufführungspraxis der Werke Bachs gilt sein Interesse also stets dem Neuen, sei es als Maestro al Cembalo des von ihm gegründeten „KRE" (Karl Richter Ensemble), als Solist, Improvisator oder Kammermusikpartner. Oft war er auch in Lesungskonzerten mit dem Schriftsteller Robert Schneider ("Schlafes Bruder") zu erleben.